Alterações pós-tradução

As alterações pós-tradução foram estudadas recorrendo a diversas ferramentas, sendo que a primeira abordada foi o PDB. Foi possível observar a partir deste site modificações moleculares assim como as modificações dos aminoácidos. Na imagem que se segue verifica-se que a proteína apresenta um peptídeo de sínal com 42 a.a. e que a restante cadeia polipeptidica é sujeita a modificações.

DESCARREGAR mo... PDB.pdf

O documento acima, passível de ser descarregado, permite observar as acima referidas modificações dos aminoácidos. Observa-se que estas se tratam pontes disulfureto e glicosilações em a.a.

É de referir que em células eucarióticas, as pontes dissulfeto são ligações covalentes de extrema importância para a formação da estrutura terciária. Formam-se no lúmen do retículo endoplasmático rugoso e são destruídas no citosol, e, portanto, apenas proteínas lisossomais, secretoras e do glicocálix as possuem. Existem, porém, algumas excepções.

Glicosilação:

Processo específico, que occore apenas no retículo endoplasmático e complexo de golgi, de adição de oligosacarídeos a cadeias proteicas. Proteínas citoplasmáticas não estão, em princípio, sujeitas a esta reação. É uma modificação primordial para a formação de proteínas de membrana e secretórias e para o desempenho de funções como reconhecimento celular, adesão, entre outras, pela proteína.

É possível observar gráficamente este processos pelo NetNGlyc 1.0 Server:

https://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=581128DC00000BAFBB6819B9&wait=20

O Jury agreement representa o número de redes neurais que apresentam o resultados concordantes. Sabe-se, também, que um potencial acima de 0,5 considera as sequencias positivas. Quanto mais positiva a sequencia, mais propensa à glicosilação esta se encontra.

Por sua vez, o mesmo resultado pode ser verificado em NetNGlyc 4.0 Server que , porém sem a parte gráfica e de forma mais pormenorizada. Por uma questão de praticidade optou-se por abordar apenas os resultados do primeiro site, porém os resultados provinientes deste segundo dite podem ser descarregados no botão abaixo.

DESCARREGAR gl...ação.pdf

Fosforilação

Processo de adição de um grupo fosfato (PO4) terminal do ATP para um grupo hidroxila da cadeia lateral de uma serina, treonina ou tirosina, sendo a reação catalisada por uma proteína-cinase. É um método comum de regulação de uma proteína em que a adição ou remoção do grupo fosfato leva a ativação ou inibição da mesma.

Devido ao elevado número de a.a. fosforilados decidiu-se separar os resultados nos três gráficos que se seguem, referentes à serina, treonina e tirosina, respetivamente.

https://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=581137520000734355043FB4&wait=20

https://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=58113B5700000BAFB1527E44&wait=20

https://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=58113B3E0000734308998C3F&wait=20

Hidroxilação:

Processo de ligação de um grupo hidroxilo a uma proteína. O principal resíduo hidroxilado é a prolina.

Pelos testes realizados através da ferramenta PredHydroxy, concluiu-se que não existem hidroxilações nesta proteína, uma vez que a ferramenta recomenda prestar atenção apenas a resultados com probabilidade acima de 70% e a probabilidade máxima determinada foi de 59%, em resíduos de prolina.

Acetilação:

Processo que permite a adição de um grupo acetilo (CH3CO) em proteínas. A presença destes grupos pode levar a ativação ou inativação de proteínas, para além de que a acetilação do terminal amino de uma proteína pode funcionar como sinal de degradação. Este processo pode ainda regular fatores de transcrição, proteínas efetoras, e proteínas do citoesqueleto.
Foi utilizada a ferramenta NetAcet 1.0 Server para prever se esta modificação ocorria na proteína em questão. Como o score é inferir a 0,5, consideramos que a proteína não apresenta acetilação.

https://www.cbs.dtu.dk/cgi-bin/webface2.fcgi?jobid=5811431A000073430FBF4C74&wait=20

Metilação:

Processo de transferência de um grupo metilo (CH3) de um carbono ou oxigénio. Ocorre apenas em lisinas e argininas e leva a um aumento da hidrofobicidade da proteína, que pode neutralizar a carga negativa de aminoácidos, quando ligados a ácidos carboxílicos.

Pela ferramenta PMes, é possivel prever que não ocorrem metilações em lisinas, apenas em argininas. Selecionando um limite inferior de probabilidade de ocorrer metilação de 0,6, para evitar falsos positivos, obtém-se a tabela seguinte:

Referências Bibiiográficas: