Base de Dados de Domínios de Proteínas
Domínios conservados são regiões compactas da estrutura de uma proteína que é constituída por um segmento contínuo da sequência de aminoácidos, capaz de se dobrar. Assim sendo, pode-se fazer uma inferência acerca de uma função especifica da proteína, sendo ela funcional ou estrutural, que contribui para uma melhor compreensão do papel global da proteína em questão.
As ferramentas de busca que permitem a análise de domínios em sequências de interesse, nomeadamente, a proteína P17927 (em formato FASTA), são:
Os resultados obtidos por esta ferramenta vêm confirmar os anteriores. Verifica-se, mais uma vez, a existência de 30 domínios sushi. Porém, considerando apenas apto para análise um hit cujo valor de E-value possua um expoente inferior a -10, torna-se relavante somente analisar os primeiros 14 domínios obtidos. Estes, no entanto, dizem respeito ao mesmo domínio e a sua descrição pode ser observada na figura abaixo.
Como apenas são relevantes para análise os valores de E-value com expoente inferior a -10, foram analisados os primeiros 6 domínios, sendo que 3 deles se referem ao vírus hospedeiro da encefalite equina (EEV), 2 ao CCP, anteriormente mencionado, e um outro que diz respeito à proteína secretada pelo complemento-ligante.
Mais uma vez, os resultados corroboram com os anteriores.
Referências Bibliográficas:
- Material de apoio à UC de Bioinformática, Aula Teórica 4
- https://docplayer.com.br/4539374-O-que-sao-dominios-proteicos.html
- https://dreyfus.ib.usp.br/bio456/cap9.pdf
- https://www.ebi.ac.uk/interpro/entry/IPR000436