Estrutura da Proteína

Iniciando por abordar a estrutura secundária da proteína em questão, esta foi determinada com o recurso a duas ferramentas: PDB e NetSurfP.

A primeira providencia resultados de forma mais visual, enquanto que a seguinte fornece as probalidades de existir hélices alfa, folhas beta e de ocorrência de enrolamentos , aminoácido a aminoácido.

Focando nos resultados da primeira ferramenta, verifica-se a existência de folhas beta (riscas verticais amarelas) e a inexistência de hélices alfa. Verifica-se que a maioria da proteína se encontra sob a forma de enrolamentos (coil). Os resultados da segunda ferramenta vão de encontro aos primeiros, na medida em que as probabilidades de ocorrência de hélices alfa são muito reduzidas, enquanto que a probabilidade de existência de folhas beta é superior a 0,5 em certas partes da proteína. Quanto à probabilidade de obter enrolamentos na estrutura secundária, esta é bastante elevada e superior a 0,5 em grande parte da proteína. Estes segundos podem ser consultados no documento PDF abaixo.

DESCARREGAR NE...ados.pdf

Foi também possível a obtenção da estrutura 3D da proteína pelas ferramentas PDB e Swiss-Model.

A primeira estrutura, proviniente do PDB, não se encontra completa pois apenas representa os 30 domínios conservados existentes nesta estrutura. O segundo modelo, construído pela Swiss-Model, não está também completo, pois apresenta alguns aminoácidos dispersos pelo comprimento da proteína, que não são abordados pelo modelo.

Estes modelos podem ser observados nas imagens abaixo, estando estes apresentados pela ordem referida anteriormente.

Estrutura 3D da proteína obtida pelo PDB

Referências Bibiiográficas:

Material de apoio à UC de Bioinformática, Aula Teórica 5

Estrutura 3D da proteína obtida pelo Swiss-Model

Estrutura da Proteína

Configurações avançadas