Localização Sub-celular e Domínios Transmembranares

Para o estudo da localização celular do gene CR1 utilizaram-se duas ferramentas: a COMPARTMENTS e o Hum-mPLoc 2.0.

No que diz respeito ao primeiro site, verificou-se que este atribui à localização extracelular um maior grau de confiança, apesar de determinar com uma confiança intermédia outras possíveis localizações.

https://compartments.jensenlab.org/Entity?figures=subcell_cell_%&knowledge=10&textmining=10&experiments=10&predictions=10&type1=9606&type2=-22&id1=ENSP00000356016

De forma a obter um resultado mais preciso, recorremos ao segundo site acima mencionado, o Hum-mPLoc 2.0, que prevê, também ele, uma localização extracelular para a proteína. Podemos desta forma concluir que:

Uma vez estudada a localização celular, procedeu-se à análise da existência de domínios transmembranares na proteína. Com este objetivo recorremos à ferramenta indicada pelo docente, o site TMHMM2.0.

Pela análise do gráfico infere-se que a proteína se localiza quase totalmente no lado exterior da membrana celular (uma vez que de entre os 2039 a.a. da proteína, 1973 estão no local referido). Porém, verifica-se que uma pequena porção se encontra no interior da célula (a.a. 1997 a 2039) e que existe uma hélice transmembranar (a.a. 1974 a 1996). No entanto, apesar destes irem de encontro aos posteriores, inferir a localização desta proteína a partir desta ferramenta não é aconselhado, pois o algoritmo é utilizado para a busca de hélices transmembranares.

O output obtido permite, também, prever que a hélice transmembranar obtida pode ser um peptídeo de sinal, uma vez que possui um número de a.a. superior a 18 (28,87595) e que o número esperado de a.a. entre os primeiros 60 da proteína, pertencentes à hélice referida anteriormente, é 4,68086.

Referências Bibiiográficas:

Material de apoio à UC de Bioinformática, Aula Teórica 5
https://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/

Localização Sub-celular e Domínios Transmembranares

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